Gedung Madrasah dibangun secara permanen pada tahun 1996 dan diserahterimakan pada tahun tersebut untuk MIN 2 Bogor dengan Kepala Madrasah yang pertama yaitu Bapak H.Dai Supriatna. Pada tahun 1996 mulai dioperasikan dengan menerima siswa baru berjumlah 23 Siswa.
MIN 2 Bogor dibawah Pimpinan Bapak H. Dai Supriatna berlangsung selama 2 tahun yaitu dari tahun 1996-1998 kemudian digantikan oleh Bapak M. Darum (1998–2007), kemudian digantikan oleh Bapak H. Aad Adlani (2008–2015), kemudian digantikan oleh Bapak Abdul Azis, S.Ag.,M.Pd.I (Oktober 2015 – Agustus 2023) dan mulai Agustus 2023 dipimpin oleh Ibu Dra. Hj. Lili Agusetiawati, M.Pd.I sampai Sekarang.
Berikut daftar pimpinan MIN 2 Bogor dari masa ke masa:Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â
1. H. Dai Supriatna
Masa Jabatan: 1996 – 1998
2. M. Darum
Masa Jabatan: 1998 – 2007
3. H. Aad Adlani
Masa Jabatan: 2008 – 2015
3. H. Abdul Aziz, S.Ag., M.Pd.I
Masa Jabatan: 2015 – 2023
4. Dra. Hj. Lili Agusetiawati, M.Pd.I
Masa Jabatan: 2023 – Sekarang