Saat ini MIN 2 Bogor tengah melaksanakan program budaya lingkungan sehat (PBLHS). Program ini dilakukan untuk membiasakan warga madrasah agar memiliki perilaku yang mencintai lingkungan termasuk di dalamnya kegiatan hemat energi. Program-program yang dilakukan oleh MIN 2 Bogor berupa:
1. Taman Air
2. Taman Sekolah
3. Pemanfaatan Sampah Kertas, Kardus, dan Karton
4. Pemanfaatan Sampah Sedotan
5. Pemanfaatan Sampah Botol
6. Pemanfaatan Bekas Bungkus Minuman
7. Apotek Hidup
8. Tanaman Konsumsi Delima, Mangga, dan Jambu
