Program – program unggulan di MIN 2 Bogor yaitu sebagai berikut :
Penguatan Pendidikan Agama dan Karakter Islami
Pembelajaran berbasis literasi dan numerasi
Pemanfaatan teknologi dan media digital dalam pembelajaran
Pengembangan bakat dan minat siswa melalui kegiatan ekstrakurikuler
Pembiasaan ibadah dan akhlakul karimah
Kolaborasi madrasah dengan orang tua dan masyarakat